정부는 비거주 주택이나 초고가 아파트 등의 보유세 부담을 강화하는 방향으로 부동산 세제 개편을 준비하고 있다. 매도 차익을 노린 투기를 억제하고 실거주자를 더 우대하도록 양도소득세(양도세) 손질도 준비 중이다. `똘똘한 한 채` 선호 심리를 키운 장기보유특별공제(장특공제)는 비거주자나 초고가 매물의 혜택을 줄이는 방향으로 제도를 다시 설계한다.12일 관계 당국에 따르면 재정경제부는 주택시장 정상화를 위한 세제 합리화 방안 연구 용역 수행자로부터 최근 중간보고를 받고서 이런 방향으로 부동산 세제 개편안을 마련 중이다.종합부동산세(종부세)와 양도세가 연구 용역에서 핵심 주제로 다뤄졌다. 종부세의 경우 1주택이면 거주하지 않아도 과도한 공제가 적용될 수 있다는 점에 당국은 주목하고 있다. 현재는 1주택을 5년 이상 보유하면 기간에 따라 20∼50%까지, 소유자가 과세기준일 현재 만 60세 이상이면 연령에 따라 20∼40%를 각각 세액공제하게 돼 있다. 이 두 가지 공제는 거주 여부와 상관 없이 80% 한도로 중복 적용이 가능하다.결과적으로 집이 비쌀수록 공제 혜택이 커진다. 투기를 억제하려면 초고가 주택 보유 부담을 높일 필요가 있다고 당국은 판단하고 있다. 초고가 주택의 기준, 즉 어떤 금액대를 기준으로 본격적으로 보유세 부담을 올릴 것인지가 관건이다.이와 관련해 당국은 최근 주택 가격 변화와 시장 동향 등을 면밀하게 살펴보고 있다. 현재 1주택의 경우 공시가격 12억원 미만이면 종부세를 내지 않는다. 근래에 주택 가격이 상승하고 이에 따라 공시가격도 오르면서 종부세 과세 대상이 되는 집이 늘어나고 있다. 서울 한남동의 `나인원한남`은 전용면적 273㎡짜리가 실거래가 250억원에 거래되는 등 초고가 아파트도 등장하고 있다.종부세액에는 주택공시가격, 기본공제금액, 공정시장가액비율, 세율, 세액공제, 세부담상한 등이 영향을 미치는 데 당국은 이를 적정하게 조합해 정책 목표에 맞게 최종적인 부담액 수준을 조정할 계획이다. 당국의 한 관계자는 각 요소를 어떻게 바꾸는지는 "어떻게 보면 지엽적"이라며 "국민 입장에서는 고지서(금액)가 작년보다 높아졌냐 낮아졌냐가 중요하다"고 언급했다.현재는 공시가격을 매길 때 현실화율 69%를 적용한다. 종부세를 산정할 때 공정시장가액비율은 60%이고 기본공제는 1주택자 12억원·다주택자 9억원이다. 세율은 2주택 이하는 0.5∼2.7%이고, 3주택 이상이면 0.5∼5.0%를 적용한다. 종부세 상한은 전년도 보유세(재산세·종부세 합계액)의 150%로 규정돼 있다.정부는 종부세를 강화하되 세액에 영향을 주는 요소들의 적용 시기를 단계적으로 설정해 그사이에 비거주·투기용 주택을 매각하도록 유도하는 방안을 함께 살펴보고 있다. 주택 수와 가액 중 어느 쪽을 과세 기준으로써 중시할지도 쟁점으로 논의 중이다. 현재는 고가 1주택과 중과세율이 적용되는 3주택의 공시가격 합산액이 동일(예: 3억원 1주택과 10억원짜리 3주택)하더라도 3주택 쪽이 기본공제액이 작고 중과세율이 적용돼 종부세가 더 많이 나온다.거래세와 관련해서는 장특공제의 거주 공제를 높이고 보유 공제를 낮추거나 폐지하는 방안이 부상하고 있다. 현재는 1주택을 3년 이상 보유하면 거주하지 않았어도 양도차익에 12∼40%의 공제율을 적용한다. 이런 혜택이 투기 수요를 부추기는 측면이 있다고 당국은 판단하고 있다. 거주 기간(2년 이상)에 따른 공제(8∼40%)를 합하면 최대 80%라는 파격적인 공제율을 적용받을 수 있어 이른바 똘똘한 한 채 보유를 조장한다는 것이다.